用Singularity代替Docker

前言

Singularity 是一种容器技术，用户可以在本地将软件打包成镜像，上传到服务器上运行。因为用户在本地计算机上拥有root权限，在制作软件的容器镜像时也拥有root权限，在部署安装应用的时候更加灵活。

在使用实验室服务器时，因为不是root用户，也没有sudo权限，一些环境的部署很是蛋疼。无意中了解到，使用Singularity刚好可以成为Docker的替代方案，故而开个坑。

cat.gif

下载已存在镜像

和Docker类似，要运行 Singularity 也需要先获取镜像，Singularity 可以从Singularity Hub 或者 Docker Hub 来获取预编译的镜像，或者编译新镜像。

# 获取预编译镜像 （会在当前目录下下载 ubuntu_<tag>.sif 文件）
$ singularity pull ubuntu
$ singularity pull docker://ubuntu

# 从 Singularity Hub build 镜像
$ singularity -d build lolcow.simg shub://GodloveD/lolcow

# 从 Docker Hub build 镜像
$ singularity -d build lolcow.simg docker://godlovedc/lolcow
$ singularity -d build centos.simg docker://centos
$ singularity -d build ubuntu.simg docker://ubuntu

交互模式运行

$ singularity shell --nv ubuntu.simg # 启用 Nvidia GPU 支持 [ --nv ]
Singularity: Invoking an interactive shell within container...

Singularity ubuntu.simg:~> pwd
/home/kuhn
Singularity ubuntu.simg:~> id
uid=1000(admin) gid=1000(admin) groups=1000(admin),10(wheel)

$ singularity exec torch.sif python --version
Python 3.8.12

运行&退出一个容器

(base)kuhn@amax-59:~$ singularity run ubuntu.simg
kuhn@amax-59:~$ exit
exit
(base)kuhn@amax-59:~$

后台运行容器实例

启动实例

$ singularity instance start ubuntu.simg test1
$ singularity instance start ubuntu.simg test2

查看实例

$ singularity instance list
DAEMON NAME      PID      CONTAINER IMAGE
test1            14172    /home/admin/ubuntu.simg
test2            14239    /home/admin/ubuntu.simg

操作实例

可以通过 shell, exec, run 命令来连到容器中运行命令

• 使用 shell 命令连入容器

$ singularity shell instance://test1
Singularity ubuntu.simg:~> ps -ef
UID        PID  PPID  C STIME TTY          TIME CMD
admin      1     0  0 03:14 ?        00:00:00 singularity-instance: admin [test1]
admin      3     0  3 03:14 pts/0    00:00:00 /bin/bash --norc
admin      4     3  0 03:14 pts/0    00:00:00 ps -ef

• 使用 exec 执行命令

$ singularity exec instance://test1 ps -ef
UID        PID  PPID  C STIME TTY          TIME CMD
admin      1     0  0 03:14 ?        00:00:00 singularity-instance: admin[test1]
admin      6     0  0 03:15 pts/0    00:00:00 ps -ef

停止实例

$ singularity instance stop test1
$ singularity instance stop test2

Reference

SingularityCE User Guide Documentation

Singularity 快速上手, 带你飞

运行 Singularity · GitBook (whu.edu.cn)